Pest
Pest is in Europa voor het eerst in de dertiende en veertiende eeuw massaal opgetreden. Dit hing samen met de verstedelijking, die geleidelijk aan op gang kwam. Deze urbanisatie schiep de omstandigheden die gunstig waren voor een massale vermeerdering van besmette ratten in de nabijheid van stedelijke bewoners. Wanneer de ratten sterven springen de vlooien over naar de mens en infecteren de gastheer tijdens het bloedzuigen. Berucht zijn de epidemieën tussen 1350-1400, waarbij niet minder dan 25 miljoen mensen (waarschijnlijk dertig tot veertig procent van de totale Europese bevolking) omkwamen. Het heeft ruim tweehonderd jaar geduurd voordat onze gewesten deze achteruitgang van de bevolking door de pest te boven zijn gekomen. Vandaar de stagnatie van de ontwikkelingen in de veertiende en vijftiende eeuw. Tussen 1300 en 1750 hebben er in Nederland enkele tientallen pestgolven plaats gevonden. Meestal betrof het de builenpest (ook wel bubonenpest genoemd), zo genoemd vanwege de zeer pijnlijke zwellingen van de lymfeklieren in lies en oksels, die na enkele dagen etterig doorbraken. Andere vormen van pest zijn longpest en de pest die tot bloedvergiftiging leidde (pest septicaemia). Wie eenmaal besmet was overleefde de ziekte in minder dan de helft van de gevallen. Bij sommige epidemieën was de sterfte soms zo massaal dat niet minder dan eenderde of meer van de bevolking om het leven kwam. Incidenteel stierven steden of streken zelfs geheel uit. Groot was dan ook de ontreddering die volgde. De verzorging en de begrafenis van pestlijders riep wegens het eigen gevaar grote weerstanden op. Dokters, notarissen, geestelijke en lijkdragers werden als gevaarlijke beroepen beschouwd. Vandaar dat men door extra hoge beloningen pestmeesters, pestdragers en pestdokters probeerde aan te trekken. Na de grote epidemie bleef de infectie hier en daar nog hangen en gaf dan gedurende een reeks van jaren daarna nog kleine, vaak plaatselijke opstoten, vooral tijdens het einde van de zomermaanden. Pestepidemieën leidden tot migratie van grote bevolkingsgroepen om de kwaal te ontwijken, zodat dit niet zelden tot een verdere verspreiding van de ziekte leidde. Er zijn enkele pestepidemieën geweest met geweldige sterfte. Zo stierven in Amsterdam in 1617 6.916 personen, in 1663 9.752 en in 1664 (een zeer heet jaar) niet minder dan 24.148 mensen, d.w.z. 12 tot 15% van de bevolking. In Leiden en Gouda was de sterfte zelfs hoger en bereikte waarden tussen de 25 en 35%. Dit werd in de hand gewerkt door perioden met economische crises, waarbij bevolkingsgroepen ondervoed en dus verzwakt waren. Vaak is een dergelijk verband aan te tonen. Delen van het platteland raakten ontvolkt; een sterke migratie trad op om de opengevallen landerijen te bezetten. Vaak vindt men deze migratie terug bij het genealogische speurwerk. Meestal was er na een ernstige pestgolf een langere periode met weinig sterfte door pest, doch geheel en al verdween de ziekte zelden. Vanaf 1675 is de pest zonder duidelijke oorzaak in de Republiek verdwenen en niet meer teruggekomen. Wel zijn er nog enkele ernstige uitbraken in het begin van de achttiende eeuw in het zuiden van Europa geweest.

Rode loop (dysenterie)
Na de pest zien we vanaf 1672 regelmatig epidemieën van bloedloop of rode loop (hemorragische dysenterie) en persloop (gewone dysenterie), die weliswaar minder catastrofaal waren dan de pest, maar die niettemin grote sterfte veroorzaakten. Deze darminfectie heeft feitelijk daarna het sterftepatroon in de achttiende en het begin van de negentiende eeuw getekend. Sterfte van 5% van de bevolking waren bij een flinke dysenteriegolf niet ongebruikelijk. Vooral in Limburg heeft de rode loop flink huisgehouden, wat leidde tot ontreddering en verhoogde criminaliteit (bokkenrijders).

Difterie
Besmettelijke ziekte gekenmerkt door de vorming van vliezen op de slijmvliezen van neus- en keelholte (bijv. keeldifterie of kroep).

Zwetende ziekte of Engelse koorts (sudor angelicus)
Tenslotte was er in de vijftiende en zestiende eeuw nog een bijzondere infectieziekte, die men hier Engels zweet noemde en die met een hoge sterfte gepaard ging. Tot op heden weet men niet precies wat dit voor een ziekte is geweest.

Griep (influenza)
Besmettelijke virusziekte met koorts en ontsteking van de ademhalingsorganen.

Cholera
De cholera (braakloop) was een infectieziekte van de darmen die zich vooral in de negentiende eeuw voordeed toen de handel met het verre oosten weer op gang kwam. Braakloop verspreidde zich dan ook meestal vanuit de havenplaatsen naar de overige gebieden van Nederland. In Duitsland was het Hamburg en in Engeland Liverpool die als kern fungeerden van zeer ernstige epidemieën, die massaal door Europa trokken. Deze ziekte kenmerkt zich door heftige diarree en veel vochtverlies.

Mazelen
Besmettelijke kinderziekte gekenmerkt door koorts, slijmvliesontsteking en rode vlekjes op de huid.

Pokken
De pokken was vanaf de zestiende eeuw ook zeer belangrijke dodelijke infectieziekte, doch te sterfte was niet plotseling en massaal, alhoewel deze aandoeningen voor globaal 10% van de sterfte verantwoordelijk was.

Syfilis
Venerische ziekte (op een geslachtsziekte betrekking hebbend), veroorzaakt door een bacterie die het hele organisme kan aantasten en eveneens aangeboren kan zijn.

Tuberculose
Besmettelijke, door de tuberkelbacil, veroorzaakte ziekte die zich kenmerkt door het optreden van tuberkels of knobbeltjes in de weefsels, die alle organen, doch in het bijzonder de longen aantast en een kwijning van het gehele lichaam veroorzaakt.

Roodvonk (scarlatina of scarlet fever)
Een ziekte als roodvonk werd pas in de achttiende eeuw als specifieke ziekte herkend, zodat vanaf deze periode deze kwaal ook in de sterftestatistieken wordt genoemd. Dit is een besmettelijke ziekte veroorzaakt door bacteriën, waarbij men hoge koorts heeft en het lichaam met rode vlekken overdekt wordt (ook wel scharlakenkoorts of purperkoorts genoemd).

Hongersnood
Aangetekend moet worden dat Nederland, in tegenstelling tot andere landen, slechts zelden zeer ernstige hongersnoden heeft gekend, behalve in de randprovincies (Limburg, Drenthe), waar de boeren vaak aan de rand van het bestaan hebben geleefd. Honger is vaak een sterke motor voor rellen en opstanden. Het optreden van een ernstige hongersnood (gecombineerd met een pestgolf) leidde tot relletjes die uit de hand liepen en vermoedelijk zelfs de Nederlandse opstand en de tachtig jarige oorlog als gevolg hadden. Berucht is ook de hongersnood van 1626 omdat dit tot bijna een verdrievoudiging van de normale sterfte leidde. Bekend is verder de hongerperiode in 1740-1748. De honger was in de grote steden zo groot dat plaatselijke hongerrellen optraden, zoals in Amsterdam de doelistenoproer. Ook de hongerperiode van 1770-1773 leidde tot veel ongenoegen en verzet, hetgeen de kiem legde tot voor het latere verzet tegen de regenten olichargie. Pest en honger waren vrienden. Vaak ging een hongersnood aan een pestgolf vooraf. Voedselgebrek leidde tot massale rattensterfte, zodat voor het bloedzuigen de vlooien van de rat op de mens oversprongen en aldus het slachtoffer besmetten. Na een pestepidemie ontstond vaak een gebrek aan werkkrachten en daardoor weer een tekort aan voedsel. Niet zelden ontstond er een machtsvacuüm, omdat bestuurders door de pest waren weggevallen. Onderdrukte boeren zagen hun kansen schoon en kwamen soms in opstand. Ook werden oorlogen begonnen omdat men de vijand door de pest ernstig verzwakt achtte.

Watersnood
In tegenstelling tot de omringende landen kende Nederland regelmatig terugkerende watersnoden, zowel in de kustprovincies als in het Maas- en Waalgebied. Sommige zijn genoemd naar de datum of tijdsperiode waarbij ze optraden, zoals de St. Elisabethvloed (rond 18 november), de Kerstvloed (rond 25 december) en de Allerheiligenvloed (rond 1 november). Lokale overstromingen door dijkbreuk kwamen in Limburg nogal eens voor. Zij gaven veel ongemak, maar geen massale sterfte, zoals bij de massale doorbraak van zeedijken dikwijls het geval was. In het rampenoverzicht wordt alleen de St. Elisabethvloed van 1421 genoemd, daar dit ongetwijfeld de bekendste is. Er zijn echter meerdere St. Elisabethvloeden in de vijftiende eeuw geweest.